L'Insa de Strasbourg est organisée avec une équipe de direction, cinq départements, des laboratoires de recherche, des centres de ressources, des services d'appui et un centre de formation continue.
Elle réunit le directeur, les directeurs de la formation, de la recherche, des cinq départements, du service Insa - entreprises, du service des relations internationales, le secrétaire général, l'agent comptable et la responsable de la communication.
La spécialité architecture constitue un département.
Les deux premières années des études d'ingénieur sont administrées par le département sciences techniques et humanités (STH).
Les années de spécialisations ingénieurs sont administrées par trois départements : mécanique, génie civil et topographie, génie climatique et électrique.
Sept laboratoires ou équipes de recherche : le laboratoire de génie de la conception, le laboratoire des systèmes photoniques (mixte avec l'UDS), l'équipe de recherche en génie électrique, l'équipe photogrammétrie architecturale et géomatique (UMR MAP), l'équipe de recherche architecture, morphogénèse urbaine et projet Amup (avec l'Ensas), le laboratoire des sciences de l'image, de l'informatique et de la télédétection (UMR 7005), l'institut de mécanique des fluides et des solides (UMR 7507).
Ils regroupent les services administratifs et techniques de l'école.
Il gère la formation continue, la formation d'ingénieur par l'apprentissage, les mastères spécialisés...